Фамилия Алферины образована от канонического имени Елевферий (греч. ἐλεύθερος — «свободный»). В русской народной среде это имя, громоздкое для повседневного обихода, дало множество сокращённых форм. Одна из них — Алферя — и стала непосредственной основой для фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Алферин, то есть сын, потомок Алфери (Алферия).

Стоит различать две ветви фамилии. Первая — крестьянская и мещанская, возникшая естественным путём: человека, которого в быту звали Алферя, его дети записывали как Алферины. Вторая — дворянская. Часть Алфериных принадлежала к нетитулованному российскому и малороссийскому дворянству. Их герб внесён в девятую часть «Общего гербовника дворянских родов Российской империи» — это указывает на то, что род был признан в дворянстве в XIX веке и его представители служили по военной или гражданской линии.

Отдельного упоминания заслуживает святой Алферио (Alferio), живший в XI веке. Он был послом князя Гвемара III Салернского при дворе императора Оттона III — искал военной помощи против византийцев, угрожавших границам княжества. Впоследствии Алферио основал монастырь и был канонизирован. Хотя его имя — прямая латинская параллель к русскому Алферу, связь с русскими Алфериными не прямая, а типологическая: и там, и там в основе лежит то же греческое имя со значением «свободный».

Фамилия фиксируется в документах с XVII века. В переписных книгах и ревизских сказках Алферины встречаются преимущественно в центральных и южных губерниях России — Тульской, Рязанской, Курской, а также на землях бывшей Гетманщины, что согласуется с упоминанием малороссийской ветви рода. В написании фамилии возможны варианты через «о» (Алферины — Алфёрины), что связано с аканьем и последующей фиксацией на письме: в бытовой речи фамилия часто звучала как Алфёрин, но в официальных бумагах закрепилась форма с «е».