Фамилия Алфер — одна из тех, что образована напрямую от личного имени, без дополнительных суффиксов. В основе лежит имя Алфер, народная форма канонического имени Елевферий. Само имя восходит к греческому слову ἐλεύθερος (элеутерос) — «свободный». Такая модель образования, когда фамилия совпадает с полной формой имени (как, например, Иван, Петр или Сидор), встречается реже, чем привычные фамилии на -ов или -ин, и характерна в основном для южных и западных регионов, а также для старообрядческой среды.

В православных святцах известно четыре святых с именем Елевферий. Самый почитаемый из них — епископ Елевферий Иллирийский, принявший мученическую смерть за веру во II веке. Именно его память, вероятно, и лежит в основе крестильного имени, от которого пошла фамилия.

Конкретных сведений о сословной принадлежности носителей фамилии Алфер в целом нет — она могла возникнуть в любой среде, где давали имя Алфер. Однако любопытный штрих находим в Книге памяти Кабардино-Балкарской Республики. Там записан белорус Алфер Тимофей Павлович, родившийся в 1879 году в селе Коптевичи Витебской области. Он работал заведующим базой золотоскупки «Орджоникидзе золото» — должность для того времени не рядовая, связанная с доверием и ответственностью. Эта запись — редкое документальное подтверждение, что фамилия бытовала в Беларуси и что её носители могли занимать заметные хозяйственные посты.

Фамилия Алфер нечастая, и её главная особенность — прозрачная связь с именем, означающим «свободный». В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, она напрямую отсылает к христианской традиции и греческому корню.