Фамилия Алфеев — это типичный пример русской фамилии, образованной от полной формы крестильного имени. В основе лежит имя Алфей, которое пришло на Русь вместе с православием и в народном произношении превратилось из канонического Елеферий. Греческое слово ἐλεύθερος (элеутерос) означает «свободный». Так что, вопреки возможной догадке, фамилия никак не связана с греческой рекой Алфей — смысл здесь в личной свободе, а не в географии.

Церковная история добавляет этой фамилии веса. Иаков Алфеев — один из двенадцати апостолов, брат евангелиста Матфея. Согласно житию, до встречи с Христом он был мытарем, то есть сборщиком налогов. После Воскресения проповедовал в Иудее, затем вместе с апостолом Андреем отправился в Эдессу, а позже самостоятельно нёс слово в Газе и Елевферополе (юг Палестины). Принял мученическую смерть через распятие в египетском городе Острацина. На Руси имя святого давали детям в надежде на покровительство и светлую судьбу — считалось, что незримая связь с небесным тезкой оберегает человека.

Морфологически фамилия проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?» — Алфеев). Это модель, которая в XV–XVI веках закрепилась сначала в среде богатых людей, обозначая принадлежность к конкретному роду. Потомок человека по имени Алфей со временем и получал фамилию Алфеев. В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, форма на -ев здесь стандартна для имени, оканчивающегося на мягкий согласный или -й.

Интересно, что имя Алфей дало и другие фамилии — например, Алферов (через форму Алфер) и Алфимов. Но Алфеев — самая прямая, без промежуточных искажений, и потому наиболее прозрачная для этимолога. Встречается она повсеместно, но в старых переписных книгах чаще фиксировалась в центральных и южнорусских губерниях, где было сильно почитание апостола Иакова Алфеева.