Фамилия Алфеевы — это пример фамилии, образованной напрямую от полного христианского имени, что встречается реже, чем привычные формы от уменьшительных или обиходных вариантов. В основе лежит каноническое имя Алфей, которое, в свою очередь, восходит к греческому Елеферий, что означает «свободный». На Руси имя Алфей вошло в обиход благодаря почитанию апостола Иакова Алфеева — одного из двенадцати учеников Христа. Согласно житию, до встречи с Иисусом Иаков был мытарем, а после проповедовал в Иудее, затем вместе с апостолом Андреем отправился в Эдессу, позже самостоятельно нёс слово в Газе и Елевферополе. Принял мученическую смерть через распятие в египетском городе Острацине.

Именно церковное почитание этого святого закрепило имя в святцах, и на Руси его давали мальчикам в надежде на незримую связь с небесным покровителем. Фамилия Алфеев, а позже и Алфеевы, закрепилась за потомками человека по имени Алфей. Поскольку имя было полным, а не уменьшительным, фамилия образовалась по простейшей модели: к основе «Алфей» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ев. Вариант Алфеев, а не Алфёнов, указывает на то, что в основе лежит именно форма имени Алфей, а не его производные.

Уже в XV–XVI веках, когда в среде богатых и служилых людей начали закрепляться наследственные фамильные прозвания, такая форма указывала на принадлежность к конкретной семье, основатель которой носил это имя. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — процесс шёл долго и неравномерно. Однако ясно, что Алфеевы — это не прозвищная фамилия от ремесла или внешности, а «именная», что делает её прямым памятником древнерусской традиции имянаречения.