Фамилия Алфисов — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает неочевидное происхождение. На первый взгляд хочется связать её с греческим алфавитом (альфа), но это ложный след. Корень здесь — каноническое имя Алфей (греч. Ἀλφαῖος), которое через народное произношение превратилось в Алфис.

Имя Алфей носил один из двенадцати апостолов — Иаков Алфеев, а также отец Левия Матфея. В русской бытовой традиции это имя адаптировалось: утратило конечный «ей» и получило просторечный суффикс -ис (как Фаддей → Фаддис, Матфей → Матфис). От формы Алфис и возникла фамилия Алфисов — то есть «сын Алфиса» или «потомок Алфиса».

Суффикс -ов указывает на русскую патронимическую модель, типичную для XVI–XVII веков. Фамилия образована не напрямую от церковного Алфей, а от его обиходного варианта, что говорит о крестьянской или посадской среде: в документах того времени имя Алфис встречается в переписных книгах Новгорода и Вятки. Например, в писцовых книгах 1620-х годов упоминается крестьянин Алфис Иванов, что подтверждает народное бытование имени.

Редкость фамилии объясняется не только тем, что имя Алфей никогда не было массовым на Руси, но и особой средой бытования. Оно оставалось в основном в монашеской среде и у старообрядцев, которые бережнее относились к древним агиографическим именам. Поэтому Алфисовы — это, скорее всего, потомки северных или вятских крестьян-староверов, сохранивших редкое имя в роду.

В написании возможна путаница с фамилией Алфимов (от Алфим — народная форма имени Евфимий). Но Алфисов и Алфимов — разные корни: первый восходит к апостолу Алфею, второй — к Евфимию. Встречается и вариант Алфеев — более редкая прямая форма от церковного имени, без народного упрощения. А вот Алфимов мог возникнуть и от греческого «алфитос» (ячменная мука) — прозвища по роду занятий, что окончательно разводит эти фамилии в разные стороны.

Сейчас фамилия встречается эпизодически, в основном на Урале и в Западной Сибири — регионах, куда в XVIII веке ссылали староверов. Если вы Алфисов, ваши предки, вероятно, были людьми с крепкой религиозной традицией, хранившими имя, которое в остальной России почти исчезло.