Фамилия Алфимов — один из примеров того, как в русской ономастике просторечная форма имени перетянула на себя роль официальной фамилии. В её основе лежит церковное имя Ефимий (греческое euphemos — «благочестивый, священный»). В народном произношении начальное «Е» нередко отпадало или переходило в «О» и «А», поэтому от полного Ефимий образовались краткие обиходные варианты — Олфим и Алфим. Именно от последнего, Алфим, и пошла фамилия Алфимов.

Модель образования здесь простейшая и самая распространённая для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе имени или прозвища, отвечая на вопрос «чей?». Алфимов буквально означает «сын (или потомок) Алфима». Та же схема дала фамилию Олфимов, которая встречается реже, но исторически стоит в одном ряду. Разница только в огласовке первого слога — диалектной или связанной с особенностями письменной фиксации в документах XVII–XVIII веков, когда единых норм ещё не было.

Интересно, что имя Ефимий дало не только Алфимова и Олфимова, но и целое гнездо фамилий: Ефимов, Ефимкин, Ефимочкин, а также, возможно, Юфимов. Алфимов стоит особняком — его основа прошла через стадию усечения и замены гласного, что для крестьянской и посадской среды было нормой. В среде духовенства, где ценили «правильное» книжное звучание, фамилии от Ефимия чаще оставались в форме Ефимовский или Ефимов.

Таким образом, носитель фамилии Алфимов может с уверенностью считать своим предком человека по имени Ефимий, которого в быту звали Алфимом. Никакой другой корень — ни греческий «алфа», ни тюркские заимствования — к этой фамилии не относятся; вся её история укладывается в русскую адаптацию греческого календарного имени.