Фамилия Алфимовы — один из примеров того, как народная речь перекроила церковное имя до неузнаваемости. В основе фамилии лежит каноническое имя Ефимий (от греческого «эуфемос» — благочестивый, священный). В русском быту это имя дало множество обиходных форм — Офим, Олфим, Алфим. Последний вариант и стал базой для фамилии: Алфим → Алфимов.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — «Алфимов», то есть сын, потомок Алфима. Так что предки современных Алфимовых носили это уменьшительное или диалектное производное от Ефимия. Интересно, что имя Алфим встречается в исторических документах XVI–XVII веков, особенно в южнорусских и поволжских землях, что позволяет предположить: фамилия могла зародиться именно там, а не в центральных областях.

Нередко фамилию путают с Алфёровыми, но происхождение разное: Алфёров восходит к имени Елевферий, а Алфимов — к Ефимию. Различие в корневой гласной (а/е) — следствие разных диалектных процессов. Версия о связи с греческим «алфи» (мука) или тюркскими корнями не выдерживает критики: фонетически она возможна, но ономастическая традиция твёрдо связывает Алфимовых именно с Ефимием.

О точном времени и месте возникновения фамилии говорить сложно: процесс закрепления фамилий в крестьянской среде растянулся до XIX века. Однако уже в писцовых книгах XVII столетия встречаются Алфимовы среди служилых людей и посадских. Значит, фамилия не была поздней — её носители успели попасть в документы до массового закрепощения. Сегодня она нередка в Рязанской, Тамбовской и Нижегородской областях, что косвенно подтверждает её южнорусский след.