Фамилия Альфонский — редкий случай в русской ономастике, когда фамилию образовали от личного имени, почти не встречавшегося в народной среде. Основа — каноническое имя Альфонс (от латинского Alphonsus, восходящего к готским корням со значением «благородный и готовый к бою»). В святцах это имя есть, но до XIX века его давали редко: либо в знатных семьях, подражавших западноевропейской моде, либо в среде духовенства, где нередко выбирали редкие церковные имена.

Суффикс -ский указывает на модель образования фамилий, типичную для дворянства и духовенства. В отличие от крестьянских фамилий на -ов/-ев, которые часто означали «сын такого-то», Альфонский буквально значит «принадлежащий Альфонсу» или «выходец из рода Альфонсов». Такая форма могла возникнуть в семинарской среде: будущих священников нередко записывали с фамилиями, образованными от имени отца или крёстного с помощью суффикса -ский, что придавало фамилии «учёное» звучание. По этой же модели, кстати, образовывали фамилии от названий церковных праздников или мест служения.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии был либо сыном человека по имени Альфонс (например, священника или обрусевшего иностранца), либо сам получил это имя при крещении, а его потомков стали называть Альфонскими. Географическая версия маловероятна: населённых пунктов с корнем «Альфонс-» на территории России нет.

В XIX веке фамилия фиксируется в основном в центральных губерниях, в среде духовенства и мелкопоместного дворянства. Самый известный носитель — врач и профессор Московского университета Аркадий Альфонский (1796–1869), ректор университета в середине XIX века. Его фамилия — не псевдоним, а наследие священнического рода, что подтверждает семинарское происхождение. Интересно, что в его случае редкое корневое имя парадоксальным образом сочетается с абсолютно стандартной для духовного сословия словообразовательной моделью.

Альфонский — фамилия, которая не «обрусела» до конца: её корень остался узнаваемо иноязычным, а суффикс — типично русским. Это редкий пример, когда имя, почти не бытовавшее в народе, дало устойчивую фамилию, сохранившуюся до наших дней.