Фамилия Алигожин — один из тех случаев, когда на слух она кажется тюркской, но при ближайшем рассмотрении выявляет арабские корни, прошедшие через казахскую или татарскую языковую среду. Основа здесь — арабское имя Али, означающее «возвышенный», «великий» (одно из имён Аллаха и имя зятя пророка Мухаммеда). Вторая часть — «гожа» или «ходжа», что восходит к персидскому «хваджа» — «господин», «хозяин», «наставник». В тюркской среде это слово стало обозначать уважаемого человека, грамотного, часто из духовного сословия. Сложение «Али» и «ходжа» даёт составное имя Алиходжа (Алигожа) — «Али-господин» или «возвышенный наставник». Фамилия Алигожин образована от этого имени по русской модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Алигожи).

Географически фамилия тяготеет к северо-западному Казахстану и Оренбуржью, а также к Татарстану. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, родоначальник был заметной фигурой в своём ауле или деревне, возможно, муллой или учителем. В русских документах XIX века фамилии такого типа (Алигожин, Алиходжин) фиксировались у казахов и татар при переходе на оседлость или при записи в рекруты.

Интересная деталь: написание через «г» (Алигожин) — это результат адаптации звука «х» (как в слове «ходжа») к русской графике. В оригинале фамилия могла звучать как Алиходжин или Алихожин, но в бытовой речи твёрдый «х» перед гласной «о» смягчился и перешёл в «г». Эта фонетическая особенность — верный маркер того, что фамилия не придумана искусственно, а сложилась в живой устной традиции. Однофамильцев с похожей основой (Алиев, Алимов, Ходжин) много, но именно Алигожин выделяется редким сочетанием двух уважаемых корней, указывающих на человека с двойным авторитетом — и по имени, и по статусу.