Фамилия Алигин — одна из тех, чьё происхождение не лежит на поверхности, но его можно восстановить по законам русской ономастики. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин. В русском языке он указывает на принадлежность: «чей?» — Алигин, то есть потомок человека по имени или прозвищу Алига. Суффикс -ин крепится к основам на -а или -я, и здесь это правило работает без оговорок.

Самая вероятная версия ведёт к крестильному имени Алипий (от греческого ἀλύπητος — «беспечальный»). В народной речи такие имена часто усекали и добавляли просторечные суффиксы: так Алипий превращался в Алигу. Реже основой могло стать имя Алексий (Алексей) — по той же модели сокращения. Если следовать этой логике, предка носителя фамилии в быту звали Алигой, а в документах записали как Алигина — по отцу. Эта версия самая убедительная, потому что фамилия имеет характерный для русских фамилий суффикс и не несёт явных следов иноязычного бытования.

Существует и другая гипотеза, менее распространённая, — тюркская. В ряде тюркских языков «алы» означает «возьми» или «бери», а «алыг» — «взятый», «приёмный». Тогда Алига могло быть прозвищем приёмного сына или человека, которого «взяли» в дом. Однако для центральной России такая модель нетипична: фамилии на -ин от тюркских глагольных основ встречаются редко и чаще в южных или восточных регионах. Версия с крестильным именем выглядит правдоподобнее.

Географически фамилия Алигин встречается точечно. В дореволюционных источниках её можно найти в списках крестьян и мещан Вятской и Костромской губерний. Это сразу проясняет социальный контекст: фамилия не аристократическая, а крестьянская или посадская, что типично для фамилий, образованных от усечённых форм имён. Никаких громких исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её бытовое, «народное» происхождение. В целом, Алигин — это редкий пример того, как церковное имя обросло просторечной формой и закрепилось в документах, минуя книжную традицию.