Фамилия Алигин — редкая, и её происхождение неочевидно. Чтобы разобраться, нужно оттолкнуться от суффикса. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: «чей?» — Алигин, то есть сын или потомок человека по имени Алига. В русских фамилиях суффикс -ин обычно крепится к основе, оканчивающейся на -а или -я, что здесь и происходит.

Самая вероятная версия: основа Алига — это разговорная или диалектная форма канонического имени Алипий (греч. ἀλύπητος — «беспечальный») или, реже, Алексий (Алексей). В народной речи такие имена нередко усекались и обрастали просторечными суффиксами: Алига, Алиха, Алиша. Если это так, то предок носителя фамилии звался в быту Алигой, а в документах его записали как Алигин — по отцу.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза: связь с тюркскими корнями. В ряде тюркских языков «алы» означает «возьми» или «бери», а «алыг» — «взятый», «приёмный». В таком случае Алига могло быть прозвищем, например, приёмного сына или человека, которого «взяли» в дом. Однако для центральной России такая модель нетипична: фамилии на -ин от тюркских глагольных основ встречаются редко и чаще в южных или восточных регионах. Версия с крестильным именем выглядит убедительнее, так как фамилия имеет характерный для русских фамилий суффикс и не несёт явных следов иноязычного бытования.

Географически фамилия Алигин встречается точечно. В дореволюционных источниках её можно найти в списках крестьян и мещан, например, в Вятской и Костромской губерниях. Это говорит о том, что фамилия не аристократическая, а скорее крестьянская или посадская, что типично для фамилий, образованных от усечённых форм имён. Никаких громких исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её бытовое, «народное» происхождение.