Фамилия Аликанова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной словарной единицы, но разговор всегда идёт о мужском предке. Основа фамилии — личное имя Аликан. Это имя имеет как минимум две равноправные версии происхождения, и обе ведут в тюркский или кавказский мир.

Первая и самая прямая версия: Аликан — это составное имя, где первая часть «Али» (арабское «возвышенный», «великий»), а вторая — тюркский суффикс или уменьшительная частица «-кан» (в значении «кровь», «род», а в именах — ласкательный или почтительный аффикс). Так образуются имена Алихан, Алискер, Алибек. В этом случае Аликанов — потомок человека по имени Аликан, то есть «маленький Али» или «князь Али» (в зависимости от региона).

Вторая версия: имя Аликан может быть вариантом кавказского имени Алик, которое, в свою очередь, иногда выводят из греческого имени Александр (в сокращённой кавказской передаче). В таком случае фамилия Аликанова — это «сын Алика», а само имя прошло через народную переработку.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель оформления фамилии. Это значит, что носители фамилии — скорее всего, выходцы из регионов, где тюркские или кавказские имена попали в русскую официальную среду: Дагестан, Чечня, Ингушетия, Татарстан, Башкортостан. Встречается фамилия и у осетин, и у кумыков. В русских метрических книгах XIX века фамилия фиксируется редко, что подтверждает её позднее оформление — в основном в советский период, когда паспортизация закрепила русские окончания за национальными именами.

С точки зрения социолингвистики, фамилия Аликанова не указывает на конкретное ремесло или сословие. Это типичная «патронимическая» фамилия второго уровня: не от отца, а от деда или прадеда, носившего личное прозвище Аликан. Встречаются варианты написания с одной «н» (Аликанова) — это норма, так как двойная «н» в этой фамилии не имеет морфологического смысла (не от слова «аликанный»).

Искать корни стоит в направлении имени Али, а не «алик» как уменьшительного от «Алексей». Версия с именем Али (исламский пласт) выглядит убедительнее, чем греческий след, — именно она объясняет распространённость фамилии в мусульманских регионах Кавказа и Поволжья.