Фамилия Аликанова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной словарной единицы, но разговор всегда идёт о мужском предке. Основа фамилии — личное имя Аликан. У него как минимум две равноправные версии происхождения, и обе ведут в тюркский или кавказский мир.

Первая и самая прямая версия: Аликан — составное имя, где первая часть «Али» (арабское «возвышенный», «великий»), а вторая — тюркский суффикс или уменьшительная частица «-кан». В тюркских языках «-кан» многозначна: она может означать «кровь», «род», а в именах выступает как ласкательный или почтительный аффикс. Так образуются имена Алихан, Алискер, Алибек. В этом случае Аликанов — потомок человека по имени Аликан, то есть «маленький Али» или «князь Али» (в зависимости от региона и диалекта).

Вторая версия выводит имя Аликан из кавказского имени Алик, которое иногда считают сокращённой народной переработкой греческого имени Александр. В таком случае фамилия Аликанова — это «сын Алика», а само имя прошло через народную переработку на Кавказе. Однако версия с именем Али (исламский пласт) выглядит убедительнее, чем греческий след, — именно она объясняет распространённость фамилии в мусульманских регионах.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель оформления фамилии. Это значит, что носители фамилии — выходцы из регионов, где тюркские или кавказские имена попали в русскую официальную среду: Дагестан, Чечня, Ингушетия, Татарстан, Башкортостан. Встречается фамилия у осетин и кумыков. В русских метрических книгах XIX века фамилия фиксируется редко, что подтверждает её позднее оформление — в основном в советский период, когда паспортизация закрепила русские окончания за национальными именами.

С точки зрения социолингвистики, фамилия Аликанова не указывает на конкретное ремесло или сословие. Это типичная «патронимическая» фамилия второго уровня: не от отца, а от деда или прадеда, носившего личное прозвище Аликан. Встречаются варианты написания с одной «н» — это норма, так как двойная «н» в этой фамилии не имеет морфологического смысла (она не от слова «аликанный»). Искать корни стоит в направлении имени Али, а не «алик» как уменьшительного от «Алексей».