Фамилия Алихашкин — редкий случай, когда тюркское имя и русский суффикс встретились не напрямую, а через уменьшительную форму. В ней сохранился двойной пласт: тюркское имя, прошедшее через русский уменьшительный суффикс -к(а), а затем снова через русский фамильный суффикс. Такая «матрешка» — признак того, что предок носителя уже в XIX веке жил в русскоязычной среде и его личное имя обрусело до формы, от которой и закрепилась фамилия.

Основа фамилии — мужское имя Алихаш. В тюркских языках (особенно у татар и башкир) оно складывается из двух частей: «Али» (арабское имя, восходящее к «высокий», «возвышенный») и «хаш» (в диалектах — «бровь», «ресница» или «ресничка»). В целом имя Алихаш можно перевести как «высокая бровь» или «красивая бровь» — типичное для восточной традиции прозвище по приметной внешней черте. Однако в русской среде имя не прижилось как самостоятельное, а давало уменьшительную форму Алихашка — именно от неё и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Алихашкин, то есть сын или потомок Алихашки. Это классическая модель для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали от основ на твёрдый согласный, -ин здесь закономерен: Алихашка → Алихашкин.

Географически фамилия тяготеет к регионам с давним татарским и башкирским населением, где шла активная ассимиляция и переход на русские фамилии: Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье, а также Поволжье. Встречается она редко — по открытым данным, в России её носит не больше нескольких сотен человек, и большинство сосредоточено именно в этих областях. Других однокоренных фамилий с той же основой, вроде Алихашев или Алихашин, в русском ономастиконе практически нет — это делает Алихашкина уникальным звеном, связывающим тюркскую антропонимию с русской фамильной системой.