Фамилия Алифашкина — редкий случай, когда основа не лежит на поверхности. В ней отчетливо слышен суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от женских прозвищ или имен на -а/-я. Значит, в основе лежит некое слово «Алифашка», которое и было прозвищем или производной формой имени.

Самая вероятная версия — это народная, уменьшительно-ласкательная форма канонического имени Елисей или Елизар. В русских говорах имя Елисей нередко звучало как «Алисей» (с аканьем), а от него легко возникали просторечные варианты: Алисейка, Алиска, а затем и Алифашка. Суффикс -аш- в данном случае выполняет роль ласкательного или бытового форманта (ср. Тимоша — Тимошка, Гриша — Гришка). Таким образом, Алифашка — это «маленький Алисей», а Алифашкина — буквально «дочь (или жена) Алифашки».

Другой, менее очевидный вариант — связь с редким тюркским именем Алиф (араб. «первая буква алфавита»). В этом случае фамилия могла возникнуть в среде крещеных татар или в смешанных русско-тюркских семьях, где к основе «Алиф» добавили русский суффикс -ашк- (по аналогии с Ивашка, Федька). Однако это предположение слабее: суффикс -ашк- в русском языке почти всегда присоединяется к полным формам имен, а не к коротким корням.

Особенность фамилии — суффикс -ашк-, который встречается реже, чем стандартные -ушк- или -ечк-. Он придает прозвищу оттенок простонародности и фамильярности. В дореволюционной России фамилии на -ашкин (Алифашкин, Грибашкин, Тимошкин) чаще встречались среди крестьян и мещан центральных и южных губерний — там, где аканье было нормой.

В современном виде фамилия Алифашкина (женская форма) указывает на то, что родоначальником был мужчина по прозвищу Алифашка. Мужской вариант — Алифашкин — мог принадлежать как его потомкам, так и его жене (в случае, если фамилия закрепилась за вдовой). Географически фамилия тяготеет к Поволжью и центральной России, но точных данных о концентрации носителей нет — фамилия остается очень редкой.