Фамилия Алифова — женская форма от Алифов, и её разбор стоит начать не с корня, а с необычного для русской ономастики окончания. Если бы фамилия оканчивалась на -ов, она бы вписалась в стандартную патронимическую модель: «чей? — Алифов». Но здесь — -ова, что в женском роде выглядит естественно, а вот в исходной мужской форме «Алифов» скрывается редкость. Основа «Алиф» почти не встречается в русских крестьянских фамилиях, образованных от канонических имён. Это сразу указывает на иноязычный или диалектный след.

Самое вероятное объяснение — фамилия происходит от арабского имени Алиф, которое означает «первый» или «друг, товарищ». В мусульманских культурах это имя встречается, но в русской среде оно могло попасть через татар, башкир или другие тюркские народы, исповедовавшие ислам. В Поволжье и Приуралье, где русские и татары веками жили рядом, фамилии с основой «Алиф» фиксируются в метрических книгах XIX века. Не исключено, что предок носителя фамилии был крещёным татарином или башкиром, которому дали имя Алиф при крещении, либо это прозвище — «алиф» могли называть грамотея (по первой букве арабского алфавита).

Есть и другая, менее распространённая версия: связь с греческим именем Алипий (от «алипос» — «беспечальный»). В народном произношении оно могло сократиться до «Алип», а затем перейти в «Алиф» через замену глухого «п» на «ф» — явление, типичное для южнорусских говоров. Однако эта гипотеза слабее: фамилии от Алипия обычно выглядят как Алипов или Алипин, а форма с «ф» встречается редко и скорее в среде старообрядцев.

Географически Алифовы чаще всего встречаются в Оренбургской, Самарской и Челябинской областях — там, где исторически смешивались русские, татары и казахи. В списках однодворцев и казаков XVIII–XIX веков эта фамилия почти не попадается, что говорит о её более позднем закреплении: вероятно, в среде крестьян или мещан, переехавших на восток в ходе колонизации.

Однокоренные фамилии — Алиев, Алифантьев — имеют другую этимологию. Алиев почти всегда восходит к имени Али, а Алифантьев — к греческому Алифант. Алифов стоит особняком: его основа не «Али», а «Алиф», что и делает фамилию редкой и локально привязанной к исламскому влиянию.