Фамилия Алифонова — женская форма от Алифонов. Её ключ не в греческом «фонос» (звук), а в редкой народной переделке церковного имени. Каноническое имя Алимпий или Алипий (в честь преподобного Алипия Печерского, иконописца XI века) в быту упростили до Алифона: сработало аканье и стремление избавиться от трудного сочетания «-пий». Суффикс -он в таких именах (как Гаврила — Гаврилон, Сила — Силон) придавал фамильярно-ласкательный оттенок, а затем закрепился в фамилии. Именно это — самая вероятная версия.

Вторая гипотеза, о происхождении от прозвища Алифон из диалектного «алиф» (от тюркского — первая буква арабского алфавита, в переносном смысле «простофиля»), слабая. Прозвищная база для фамилий обычно прозрачнее, а Алифоновы в документах чаще фигурируют как потомки человека с именем Алифон, а не с прозвищем. Географически фамилия редкая, рассеяна, но заметный след оставила в Поволжье и южных регионах России, что косвенно подтверждает её связь с народными формами имён в крестьянской и мещанской среде. Алифонов стоит в одном ряду с Алипановым (от Алипан — вариант Алипий) и реже встречающимся Алимовым (от Алим — сокращение от Алимпий), но выделяется редким для русских фамилий звучанием: сочетание «-фон» сбивает с толку, хотя на деле это чисто славянская адаптация византийского имени. Предок носительницы фамилии, скорее всего, был простым человеком, которого в быту звали Алифон, а в церковных книгах — Алимпием.