Фамилия Алифонова — женская форма фамилии Алифонов, и её ключ — в основе, которая звучит как имя или прозвище. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев чаще всего образуются от полных или уменьшительных форм крестильных имён, и здесь мы сталкиваемся с редким случаем: Алифон — это, скорее всего, народная, просторечная переделка канонического имени Алимпий или Алипий. В церковной традиции это имя носил преподобный Алипий Печерский, иконописец XI века, но в быту, под влиянием аканья и упрощения трудных сочетаний, Алипий мог превратиться в Алифона. Суффикс -он в таких именах (сравните: Гаврила — Гаврилон, Сила — Силон) придавал фамильярно-ласкательный оттенок, а затем закрепился в фамилии.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — происхождение от прозвища Алифон, связанного с диалектным словом «алиф» или «алифа». В южнорусских говорах так могли называть нерасторопного, медлительного человека (от тюркского «алиф» — первая буква арабского алфавита, нечто простое и прямое, но в переносном смысле — «простофиля»). Однако эта гипотеза слабая: прозвищная база для фамилии обычно более прозрачна, а Алифоновы и Алифоновы чаще фиксируются в документах как потомки людей с именем Алифон, а не с прозвищем.

Географически фамилия Алифонова встречается редко, рассеяна по разным областям, но заметный след оставила в Поволжье и южных регионах России, что косвенно подтверждает её связь с народными формами имён, распространёнными в среде крестьян и мещан. В сословном отношении — это типичная крестьянская или посадская фамилия, образованная по самой массовой модели русского населения.

Если сравнивать с однокоренными, то Алифонов и Алифонова стоят в одном ряду с Алипановым (от Алипан — вариант Алипий) и реже встречающимся Алимовым (от Алим — сокращение от Алимпий). Но Алифонов выделяется редким для русских фамилий звучанием: сочетание «-фон» на конце основы может сбивать с толку, навевая мысли о греческом «фонос» (звук), но на деле это чисто славянская адаптация византийского имени. Так что предок носительницы этой фамилии, скорее всего, был простым человеком, которого в быту звали Алифон, а в церковных книгах — Алимпием.