Фамилия Алифонов — типичный пример того, как за привычным русским окончанием может скрываться имя совсем не славянского происхождения. В её основе лежит имя Алифон — народная, обиходная форма канонического крестильного имени Агафон. Этот путь хорошо известен историкам языка: греческое Agathon (от agathos — «добрый», «хороший») в русской устной традиции превратилось сначала в Агафон, а затем, через упрощение и аканье, дало формы вроде Огафон, Олифон и, наконец, Алифон. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Алифон + суффикс принадлежности -ов, то есть «сын Алифона».

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия отталкивается от греческого имени Алипий (Alypios — «беспечальный»). В народном произношении оно могло сократиться до Алип, Алифон, но эта гипотеза слабее: для перехода «п» в «ф» в живой речи нет устойчивых оснований, тогда как чередование «г/ф» (Агафон — Алифон) встречается в диалектах. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — от Агафона.

По суффиксу фамилия однозначно указывает на великорусскую среду, скорее всего, на центральные или южные губернии, где аканье было нормой. Сословный состав носителей мог быть любым: от крестьян до духовенства и купечества, так как имя Агафон было распространено во всех слоях общества. Интересно, что у фамилии есть «двойники» с тем же корнем: Агафонов, Огафонов, Агафоников — и все они восходят к одному имени, но в разных фонетических обработках. Алифонов — одна из самых «обрусевших» форм, где греческое имя утратило все следы чужеземного звучания.