Фамилия Алижонов — одна из тех, где исходное имя-основа почти полностью скрыта русским суффиксом, но при этом сохраняет восточный корень. Если разобрать её по частям, становится ясно, что перед нами фамилия, образованная по русской модели от тюркского или персидского имени Алижон.

Основа здесь — Алижон. Это составное имя, где первая часть «Али» восходит к арабскому имени Али (высокий, возвышенный; один из ближайших сподвижников пророка Мухаммада). Вторая часть — «жон» — в тюркских языках (особенно в узбекском, таджикском) означает «душа», «дорогой», «любимый», часто используется как ласковый компонент в именах. Таким образом, Алижон можно перевести как «дорогой Али» или «Али-душа» — типичное для Средней Азии почтительно-ласковое имя.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилию русифицировали по классической схеме XIX–XX веков: к имени отца добавляли русский патронимический суффикс. Носитель фамилии Алижонов — это, скорее всего, потомок человека по имени Алижон. Такая модель широко распространена среди народов, которые входили в состав Российской империи и Советского Союза: узбеков, таджиков, отчасти казахов и киргизов.

Интересно, что в самом имени Алижон ударение обычно падает на последний слог (Алижо́н), а в фамилии, по законам русского языка, оно смещается — Алижо́нов (реже встречается вариант с ударением на второй слог). Это типичный случай адаптации восточного имени к русской фонетике.

Географически фамилия Алижонов чаще всего встречается в Узбекистане, Таджикистане, а также среди диаспор из этих стран в России. В российских базах данных она редкая, но не единичная — носители есть в Москве, Санкт-Петербурге и южных регионах. Сословной принадлежности у такой фамилии нет: в советское время её могли получить и крестьяне, и горожане, и интеллигенция, так как она образована от личного имени, а не от прозвища или профессии.

В ономастике фамилии с компонентом «жон» (Джон, Жон) — отдельная группа, указывающая на ласкательное или уважительное отношение. Аналог в русских фамилиях — суффиксы -ушк-, -еньк- в именах (Иванушкин, Петенькин), но там они присоединялись к уменьшительным формам, а здесь «жон» — это самостоятельный элемент, несущий эмоциональную окраску.