Фамилия Алижонова — редкий случай в русском ономастиконе, образованный от мужского имени Алижон. Это имя составное, восточного происхождения, где первая часть «Али» восходит к арабскому «али» — «высокий», «возвышенный», «великий» (один из эпитетов Аллаха, а также имя зятя пророка Мухаммеда). Вторая часть — «жон» — это фонетический вариант тюркского «джан» (душа, жизнь), который в именах часто служит ласкательным или уважительным компонентом, буквально «душа моя». Таким образом, Алижон можно перевести как «великая душа» или «возвышенная жизнь».

Фамилия оформлена по русской словообразовательной модели: к основе имени добавлен суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женский род носительницы. В русской традиции фамилии на -ов/-ев образуются от отчества или прозвища отца: Алижонова — это «дочь (или жена) Алижона». Мужской вариант — Алижонов. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде народов Поволжья, Средней Азии и Кавказа, которые при вхождении в состав Российской империи получали русские фамильные окончания.

Географически фамилия Алижонова наиболее вероятна в регионах с тюркским и мусульманским населением: в Узбекистане, Таджикистане, а также среди татар и башкир. В русских документах она могла закрепиться в советский период, когда массово оформлялись паспорта и фиксировались национальные фамилии в русифицированной форме. Сословно предки Алижоновых, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, так как знатные тюркские роды чаще сохраняли фамилии на -беков, -мирзоев или -оглы.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к русскому слову «али» (устаревшее «или») или к фамилиям типа Алексеев — это чистый пример антропонимического заимствования, адаптированного к русской грамматике. Встречаются варианты написания с одной «н» (Алижонова), но нормативным считается двойное «н» по аналогии с суффиксом -ов. В целом Алижонова — фамилия, которая прямо говорит о личном имени предка и его культурных корнях, без дополнительных прозвищных или профессиональных наслоений.