Фамилия Алиджонов — яркий пример того, как восточное имя, пройдя через русскую грамматику, превратилось в фамилию. Её основа — составное арабо-таджикское имя Алиджон. Первая часть, Али, восходит к арабскому «алий» — «высокий», «возвышенный», и отсылает к имени халифа Али, двоюродного брата и зятя пророка Мухаммеда. Вторая часть, джон (или джан), в персидском и таджикском языках означает «душа», «жизнь», а в именах используется как ласково-уважительный компонент. Таким образом, Алиджон — это «дорогой, как душа, Али» или «живущий под покровительством Али».

Модель образования фамилии проста и типична для регионов, где русское делопроизводство столкнулось с местными традициями. К основе Алиджон добавили русский патронимический суффикс -ов, который в этой среде работает не как указание на отца («чей сын?»), а как маркер фамилии. В результате Алиджонов буквально означает «принадлежащий к роду Алиджона» или просто «потомок Алиджона».

Фамилия почти наверняка сформировалась в среде, где таджикский или узбекский язык был основным, а русский — языком официальных записей. Это не редкая, но и не массовая фамилия; её носители исторически сосредоточены в Центральной Азии, особенно в Таджикистане и Узбекистане, а также среди выходцев из этих стран в России. Встречается и более редкий, русифицированный вариант — Алиджанов, где «дж» заменено на «дж» в написании (хотя звучание то же).

Интересная деталь: фамилия Алиджонов — один из примеров того, как имя, содержащее религиозный компонент (Али), в советское время не подверглось принудительной замене, в отличие от многих «исламских» фамилий, которые иногда переделывали в нейтральные. Социально предки носителя фамилии могли быть кем угодно: от ремесленника и торговца до крестьянина-земледельца, — фамилия не указывает на сословие, а лишь фиксирует имя родоначальника.