Фамилия Алиджанов образована от арабо-персидского имени Алиджан — диалектального варианта имени Галиджан. В основе лежат два корня: арабское «Гали» (в русской передаче часто звучит как «Али») означает «великий, возвышенный, высший, могущественный, дорогой», а персидское «джан» переводится как «душа» или «человек». Таким образом, имя Алиджан можно истолковать как «великая душа» или «высокий человек» — комплиментарное составное прозвище, типичное для мусульманской антропонимии.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Алиджан прибавлен русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Алиджана»). Такое оформление характерно для фамилий тюркских и кавказских народов, которые входили в состав Российской империи и чьи имена адаптировались под русскую систему фамильных суффиксов. Встречаются также варианты написания: Алиджанов, Алиджанов, Галиджанов — они отражают диалектные колебания первого звука (г/а).

Географически фамилия Алиджанов распространена среди народов, где популярны арабо-персидские имена с компонентом «джан»: у узбеков, таджиков, азербайджанцев, а также у татар и народов Северного Кавказа. В России носители фамилии чаще всего проживают в республиках Средней Азии и Закавказья, но встречаются и в центральных регионах — как результат миграций XX века.

Точное время возникновения рода Алиджанов установить сложно: процесс закрепления фамилий у восточных народов растянулся на столетия и завершился в основном в советский период. Однако ясно, что предки носителей этой фамилии носили имя Алиджан, которое со временем перестало быть личным и перешло в разряд наследственных. Никаких документальных свидетельств о древности рода без генеалогического исследования привести нельзя — это типичный случай, когда фамилия фиксирует имя предка, жившего не ранее XVIII–XIX веков.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Алиев, Джанов, Галиджанов) показывает, что Алиджанов стоит в ряду составных именных фамилий, которые сохранили полную форму исходного антропонима, а не усечённую, как, например, Алиев (только от «Али»). Это делает её более информативной для этимолога: она прямо указывает на двукорневую структуру имени, что редкость для фамилий, прошедших через русскую паспортную систему.