Фамилия Алиджанова — один из тех случаев, когда русский суффикс -ов наращивается на восточное имя, но не по отчеству, а напрямую от мужской формы. В основе лежит имя Алиджан, которое в тюркских и иранских языках — составное: «Али» (араб. «высокий», «возвышенный», одно из имён Аллаха и имя зятя пророка Мухаммеда) + «джан» (перс. «душа», «жизнь», в именах — ласковый компонент, «дорогой»). Буквально — «Али — моя душа» или «дорогой Али». Такие имена с «джан» (Рустамджан, Каримджан) типичны для Средней Азии, особенно для таджикской и узбекской среды, а также для тюркоязычных мусульманских народов Кавказа (азербайджанцы, кумыки).

Фамилию образовали по стандартной русской модели: к основе Алиджан прибавили суффикс принадлежности -ов, а женский вариант — Алиджанова. Это не женская форма имени, а именно фамилия, которую носят и женщины. В паспортной системе Российской империи и СССР так оформляли фамилии выходцев из мусульманских регионов: брали имя отца (или деда) и русифицировали окончанием. То есть первый носитель фамилии, вероятно, был сыном человека по имени Алиджан, а сама фамилия закрепилась за его потомками.

Географически Алиджановы встречаются в России прежде всего в Дагестане, Чечне, Татарстане, а также среди таджикской и узбекской диаспоры. В самой Средней Азии фамилия могла писаться и без русского суффикса — как Алиджанов, но с советской паспортизацией форма с -ов стала стандартной. Если сравнить её с фамилией Алиев, которая образована от более простого имени Али, то здесь двойная основа даёт более редкий и конкретный вариант: она указывает не просто на «принадлежность Али», а на имя с эмоциональным оттенком.

С точки зрения сословной истории — фамилия недворянская. В дореволюционных списках купечества или дворянства она не встречается: это фамилия крестьян, ремесленников, позже — советской интеллигенции из национальных республик. Известных носителей с громкой общероссийской славой нет, но в региональной истории (например, в таджикской науке или дагестанском спорте) люди с этой фамилией встречаются.

Особенность фамилии Алиджанова ещё и в том, что она сохранила редкую словообразовательную модель: суффикс -ов здесь наращивается не на отчество (как в фамилии Алиевич), а на полное имя отца, которое само по себе уже является составным. Это типично для поздней русификации мусульманских имён, когда паспортисты в XX веке «обрезали» отчество и брали за основу имя старшего мужчины в семье. Поэтому фамилия Алиджанова — не столько указание на родство, сколько метка советского учёта: она закрепила за потомками имя деда или отца в том виде, в каком его записал чиновник.