Фамилия Алифьева — женская форма от Алифьев, а та, в свою очередь, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от канонического имени через суффикс притяжательности -ев. В основе лежит мужское имя Алифей, которое представляет собой народную, «простонародную» переделку крестильного имени Елисей. В русских говорах начальное «е» часто переходило в «а» (как в словах «апрель» из лат. aprilis или «архиерей» из греч. hieros), а мягкое «с» заменялось на «ф» — результат так называемого фарнальского произношения, когда губно-зубной звук «ф» вытеснял более сложный для произношения «с». Таким образом, Алифей — это тот же Елисей, но адаптированный живой устной речью.

Само имя Елисей восходит к древнееврейскому Элиша́, что значит «Бог — спасение». В Библии это имя носил пророк, ученик Илии, известный чудесами (исцеление, воскрешение). Однако в крестьянской и посадской среде XVI–XVII веков имя Алифей бытовало независимо от книжной традиции — его давали по святцам, но произносили по-своему. Фамилии на -ев, образованные от таких «опрощённых» форм, — ценнейший источник для исторической фонетики: они запечатлели живую речь предков.

Географически фамилия Алифьевы встречается преимущественно в центральных и южных регионах России — в Тамбовской, Рязанской, Воронежской областях. Это зона, где в XVII–XVIII веках активно селили служилых людей и однодворцев, потомков «детей боярских» и вольных переселенцев. Редкость фамилии (по данным современных телефонных справочников, несколько сотен носителей по всей стране) говорит о том, что она не прошла через массовую унификацию в XIX веке и сохранила локальный, «гнездовой» характер.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: связь с арабским именем Али (через татарское посредство). Но суффикс -ев в русской фамилии при таком заимствовании дал бы форму Алиев (с одним «ф»), а написание «Алифьев» с «ф» на стыке корня и суффикса — прямое указание на славянскую адаптацию греческого имени. Так что предки носителей фамилии Алифьева — скорее всего, русские крестьяне или однодворцы, носившие имя Алифей, то есть Елисей по-домашнему.