Фамилия Аликпаева — это редкий случай, когда тюркская основа почти не изменилась при переходе в русскую фамильную форму. В её основе лежит мужское имя Аликпай, распространённое у казахов, башкир и татар. Имя это составное: первая часть «алик» восходит либо к арабскому «алим» (знающий, учёный), либо к «али» (возвышенный, высокий). Вторая часть — «пай» — в тюркских языках означает долю, часть, счастье, а иногда употребляется как почтительный титул вроде «господин». Вместе они складываются в благопожелательное имя со значением «счастливая доля знающего» или «господин знания» — типичная для кочевой культуры формула, которой желали ребёнку удачи и уважения.

Русский суффикс -ев в фамилии выполняет роль патронимического показателя: Аликпаев — это «сын Аликпая». Форма Аликпаева — женская (или исходная, если фамилия записана за женщиной). Такая модель — тюркское имя плюс русский суффикс — характерна для фамилий народов Поволжья, Урала и Казахстана, которые вошли в состав Российской империи в XVIII–XIX веках.

География фамилии узкая: основные регионы — Башкортостан, Татарстан, Оренбургская область, а также казахские степи. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не встречается. Это верный признак того, что она закрепилась поздно, скорее всего в начале XX века, когда у тюркского населения начали массово записывать фамилии по отцу. До этого люди обходились именем и указанием рода — например, Аликпай-улы («сын Аликпая»).

Споров об этимологии почти нет. Основная версия — от «алик» (знающий) и «пай» (доля) — принимается большинством исследователей. Альтернативное сближение с арабским «алик» (нечто вроде «обжора») маловероятно: такие прозвища не давали детям как личные имена, а в основе фамилии лежит именно имя, а не уличное прозвище.

Носителей фамилии немного, известных публичных фигур с ней нет. Это типично для фамилии, не попавшей в дворянские или купеческие списки. Скорее всего, предки Аликпаевых были скотоводами или крестьянами, а сама фамилия осталась локальной, не разлетевшись по стране через переселения.