Фамилия Аликпаева — редкий пример тюркско-русского скрещения, где основа почти не менялась при адаптации. Её ядро — мужское имя Аликпай, которое в тюркских языках (особенно казахском, башкирском, татарском) строится из двух частей: «алик» (от арабского «алим» — знающий, учёный, либо от «али» — возвышенный) и «пай» (доля, часть, счастье, иногда — титул вроде «господин»). В сумме имя означает «счастливая доля знающего» или «господин знания» — типичная для кочевой культуры формула благопожелания.

Русский суффикс -ев указывает на присоединение фамилии к роду через отца: Аликпаев — сын Аликпая. Форма Аликпаева — женская (или исходная, если в документах записана как фамилия женщины). Модель образования проста: тюркское имя + русский патронимический суффикс, что характерно для фамилий народов Поволжья, Урала и Казахстана, вошедших в состав Российской империи в XVIII–XIX веках.

Встречается фамилия в основном в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области и у казахов. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её почти нет — это говорит о том, что фамилия закрепилась поздно, скорее всего в начале XX века, когда у тюркского населения начали массово записывать фамилии по отцу. До этого люди обходились именем и указанием рода (например, Аликпай-улы — «сын Аликпая»).

Споров об этимологии почти нет: версия с «алик» (знающий) и «пай» (доля) — основная. Альтернативное сближение с арабским «алик» (нечто вроде «обжора») маловероятно — такие прозвища не давали детям как личные имена, а в основе фамилии лежит именно имя, а не уличное прозвище.

Носителей фамилии немного, известных публичных фигур с ней нет, что типично для фамилии, не перешедшей в дворянские или купеческие списки. Скорее всего, предки Аликпаевых были скотоводами или крестьянами, а сама фамилия так и осталась локальной, не разлетевшись по стране через переселения.