Фамилия Аликперова — женская форма, образованная от мужской Аликперов, и её разбор стоит начать с корня, а не с суффикса. Основа восходит к арабскому или тюркскому составному имени Аликпер (Али-Акбар), что переводится как «Великий Али». Али — зять пророка Мухаммеда, ключевая фигура в исламе, поэтому имя Аликпер (буквально «Али великий») было почётным и распространённым среди мусульманских народов. Предок носительницы фамилии, скорее всего, был назван в честь этого религиозного деятеля, а сама фамилия закрепилась от имени отца или деда.

Интересна здесь словообразовательная модель. В отличие от множества русских фамилий, где суффикс -ов исконно указывает на принадлежность («чей?» — «сын Аликпера»), в этом случае он наложился на уже готовую тюркскую или арабскую основу. Фамилия не славянская по корню, но оформилась по стандартной русской грамматической схеме. Это типично для народов, долгое время живших в составе Российской империи и СССР, — особенно для татар, азербайджанцев, дагестанцев и других мусульманских этносов. Географически фамилия Аликперов чаще встречается в Азербайджане, Дагестане, а также среди татарских общин в Поволжье и Западной Сибири.

В написании нет вариантов, которые бы сильно искажали смысл: форма Аликперова — это стандартный русский родительный падеж в значении «жена или дочь Аликперова». Если бы фамилия сохранила исконную тюркскую модель, она могла бы звучать как Аликпер-оглы (для мужчин) или Аликпер-кызы (для женщин), но русификация через суффикс закрепила её в привычном для русского уха виде. С точки зрения социальной истории, носители фамилии редко принадлежали к дворянству — чаще это были крестьяне, ремесленники или духовные лица, так как имя Аликпер нередко давали в семьях мулл и уважаемых старейшин.