Фамилия Аликперова — женская форма мужской фамилии Аликперов, которая имеет ярко выраженное восточное происхождение. Её основа восходит к арабскому или тюркскому имени Аликпер (Али-Акбар), что в переводе означает «Великий Али». Али — зять пророка Мухаммеда, одна из ключевых фигур в исламе, поэтому имя Аликпер (буквально «Али великий») было почётным и распространённым среди мусульманских народов. Таким образом, предок носительницы фамилии, скорее всего, был назван в честь этого религиозного деятеля, а сама фамилия образовалась от имени отца или деда по стандартной для русского языка модели: к основе Аликпер добавили патронимический суффикс -ов (чей? — Аликперов).

Стоит обратить внимание на суффикс. В отличие от многих русских фамилий, где -ов указывает на принадлежность («сын Аликпера»), здесь этот суффикс наложился на уже готовую тюркскую или арабскую основу. Фамилия не славянская по корню, но оформилась по русской грамматической модели, что типично для народов, долгое время живших в составе Российской империи и СССР, — особенно для татар, азербайджанцев, дагестанцев и других мусульманских этносов. Географически фамилия Аликперов чаще встречается в Азербайджане, Дагестане, а также среди татарских общин в Поволжье и Западной Сибири.

В написании нет вариантов, которые бы сильно искажали смысл: форма Аликперова — это стандартный русский родительный падеж в значении «жена или дочь Аликперова». Если бы фамилия сохранила исконную тюркскую модель, она могла бы звучать как Аликпер-оглы (для мужчин) или Аликпер-кызы (для женщин), но русификация через суффикс закрепила её в привычном для русского уха виде. С точки зрения социальной истории, носители фамилии редко принадлежали к дворянству — чаще это были крестьяне, ремесленники или духовные лица, так как имя Аликпер нередко давали в семьях мулл и уважаемых старейшин.