Фамилия Алакперова — женская форма, и её происхождение проще понять через мужской вариант Алакперов. В основе лежит сложное имя Алакпер, где первая часть «ал» восходит к тюркскому «ал» (красный, алый), а вторая — к арабскому «акбар» (великий, величайший; тот же корень, что в «Аллах акбар»). В буквальном переосмыслении имя могло означать «великий в красном» или «сияющий величием», но в бытовой традиции такие имена давали как пожелание силы, яркости и удачи.

Фамилию образовали по русской патронимической модели с суффиксом -ов. В Закавказье и на Северном Кавказе этот суффикс в XIX–XX веках часто добавляли к местным именам при русификации документов. Алакперов — буквально «сын Алакпера», а Алакперова — «дочь (или жена) Алакперова». Такая фамилия характерна для азербайджанцев, а также для народов Дагестана, где тюркские и арабские имена смешивались с русским делопроизводством. Суффикс -ов здесь — не исконно тюркский, а привнесённый администрацией, так что фамилия — яркий пример того, как местное имя «обрусело» в бумагах, не потеряв исходного звучания.

Географически фамилия чаще всего встречается в Азербайджане, особенно в регионах, граничащих с Дагестаном (Губа, Хачмаз), и среди азербайджанской диаспоры в России. В самой России носители сосредоточены в Москве, Санкт-Петербурге и южных областях — Краснодарском крае, Ростовской области. Попадается и вариант написания с одной «п» — Алакерова, но это результат упрощения или ошибки в паспортных записях. Если искать однокоренные фамилии, то это Алакперов, Алакперян (у армян, с суффиксом -ян), а также Алакпаров — вариант с заменой «е» на «а» под влиянием диалектного произношения.

В дореволюционной России носители такой фамилии принадлежали в основном к крестьянам или мещанам, реже — к купечеству в торговых городах Закавказья. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано. Сегодня фамилия нередкая, но не массовая: по разным оценкам, в России её носят несколько тысяч человек, и почти все они — потомки выходцев из Азербайджана.