Фамилия Алимайкина — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве основной, хотя по правилам русской ономастики фамилии на -ин обычно образуются от мужских основ. Здесь сработала нестандартная модель: скорее всего, перед нами не патроним (отчество), а метроним — фамилия, возникшая из прозвища или имени матери. В русской традиции такие случаи единичны, но встречаются, особенно в семьях, где женщина играла ключевую роль или была единственным кормильцем.

Основа фамилии — имя Алимайка. Это уменьшительно-ласкательная форма от женского имени Алима, которое имеет арабские корни (от «алим» — знающий, учёный) или тюркские (где «алима» — учёная женщина). В русской среде такие имена могли давать в крестьянских семьях, где имя выбирали по святцам или по местной традиции, но с течением времени оно обросло просторечными суффиксами: -айк- и -к- придают ласковый, домашний оттенок. Таким образом, Алимайка — это «маленькая Алима», а фамилия Алимайкина буквально означает «дочь (или жена) Алимайки».

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и югу России, где были сильны тюркские и арабские влияния на имена. Встречается она в основном в единичных записях, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от одной конкретной семьи в каком-нибудь селе. Социальный контекст: носительницы фамилии, скорее всего, были крестьянками или мещанками, так как в дворянской среде метронимические фамилии почти не встречались.

Спорный момент: некоторые исследователи могли бы возвести фамилию к мужскому имени Алимай (тюркская форма от Алим), но суффикс -к- в основе указывает скорее на женское уменьшительное имя, чем на мужское. Мужская форма — Алимайкин — существовала бы, если бы основа была мужской, но в реальности фамилия Алимайкина зафиксирована именно в женском роде, что и даёт ключ к разгадке. Именно суффикс -к- в центре слова — редкая улика: в русских фамилиях от мужских имён он почти не встречается в такой позиции (сравните с парами «Петька — Петькин», где основа мужская, но суффикс -к- входит в само имя, а не в прозвище). В случае с Алимайкиной суффикс -к- присоединился к уже готовому женскому имени, превратив его в ласкательное прозвище матери, которое и стало фамилией для детей.