Фамилия Алемайкин — наглядный пример того, как русский суффикс принадлежности наращивается на нерусскую основу. Модель проста: фамилию образовали от личного имени или прозвища Алемайка, а оно, в свою очередь, — уменьшительная форма тюркского имени Алемай. Суффикс -ин здесь работает в прямом значении: «сын Алемайки» или «человек из рода Алемайки».

Корень имени восходит к арабскому «алам» (знак, знамя, мир) или «алим» (знающий, учёный). В татарской и башкирской среде имя Алемай (встречаются варианты Алмай, Алим) было вполне обычным. Попав в русскую языковую среду, оно обрастало типичными уменьшительными суффиксами — так появилось бытовое, «домашнее» Алемайка, от которого и закрепилась фамилия.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крещёным татарином или башкиром, либо выходцем из тюркской среды, принявшим православие. Фамилию ему дали по отцовскому имени, что типично для XVI–XVII веков. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — зоне многовекового смешения славянского и тюркского населения. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, от одного основателя рода в конкретной деревне.

Существует и альтернативная версия — связь с диалектным словом «алеман» (обманщик, плут), но она слаба. В этом случае фамилия звучала бы как Алеманов или Алемашин, а форма с -айка однозначно указывает на имя, а не на прозвище. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — тюркское имя Алемай, адаптированное русским суффиксом -ин.