Фамилия Алимгафарова — один из тех редких случаев, когда русская по форме фамилия хранит в себе развёрнутое богословское высказывание на арабском языке. Она образована от полного мужского имени Алимгафар, которое складывается из двух эпитетов Аллаха: «Алим» (Знающий, Всеведущий) и «Гафар» (Всепрощающий). Соединившись, они образуют сложносоставное теофорное имя, прославляющее Бога сразу в двух ипостасях. Такие имена были особенно распространены среди татар, башкир и других тюркоязычных народов, исповедующих ислам.

Словообразовательная модель фамилии — типично русская: к основе Алимгафар- прибавился суффикс принадлежности -ов- и окончание -а, указывающее на женский род (мужской вариант — Алимгафаров). Суффикс -ов, а не -ский, выдаёт социальное происхождение: такие фамилии закреплялись в среде крестьянства и мещанства, а не дворянства. Предка носителя фамилии, скорее всего, записали в документах по отцу: «Алимгафаров сын», то есть «сын Алимгафара». Это прямая отсылка к тому, что фамилия образована не от прозвища или профессии, а от личного имени, которое несло сакральный смысл.

Что отличает эту фамилию от более частотных Алимовых или Гафаровых, так это редкость полной формы. Встретить Алимгафарову можно преимущественно в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах традиционного проживания татар и башкир. Такая фамилия могла закрепиться в конкретном роду, где имя Алимгафар передавалось через поколения, или же её дали предку в честь почитаемого религиозного деятеля (аулия). С точки зрения словообразования, она стоит в одном ряду с фамилиями Абдулгафаров, Мухаметгафаров, Галимгафаров — все они образованы от сложных арабо-тюркских имён и указывают не на ремесло или характер, а на веру и культурный код предков.