Фамилия Альхашкина — редкий случай, когда женская форма, скорее всего, исходная, а не производная от мужской. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Марья — Марьин, Алёша — Алёшин. Здесь основа «Альхашк-» уже содержит внутри себя суффикс -к-, который мог появиться из прозвища или имени Альхашка. Если бы фамилия была мужской, она звучала бы как Альхашкин, но в быту закрепилась форма женского рода — Альхашкина. Это не редкость для фамилий, которые первоначально принадлежали женщинам (например, вдовам или дочерям) и остались в семье без изменения.

Корень «Альхаш-» — самый загадочный. Скорее всего, он восходит к тюркскому или арабскому имени Альхаш (или Алхаш). В тюркских языках «ал» означает «алый, красный» или «возьми», а «хаш» может быть искажённым «хас» — «особый, чистый». Но более вероятна версия арабского происхождения: имя Аль-Хаш (или Альхаш) могло быть вариантом имени Алхаз — «драгоценный камень» (алмаз), которое у народов Кавказа и Поволжья нередко трансформировалось в «Альхаш». В таком случае прозвище Альхашка дали человеку, которого ценили как «сокровище» или за твердый характер.

География фамилии узкая. Альхашкины встречаются почти исключительно в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области, что подтверждает тюркско-мусульманские корни. В XIX веке носители этой фамилии, вероятно, были крестьянами или мещанами, принявшими фамилию по имени или прозвищу предка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Альхашкин, то есть сын или потомок Альхашки. Но форма на -а в конце говорит, что в документах фамилия могла закрепиться за женщиной, например, за вдовой, которая вела хозяйство, и её дети пошли по материнской фамилии.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Алхазов, Алхашев показывает, что Альхашкина стоит особняком: в ней сохранился уменьшительный суффикс -к-, который обычно даёт фамилиям более «домашний», разговорный оттенок. Это не фамилия знатного рода, а прозвище, которое стало родовым именем простой семьи.