Фамилия Алксеева — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она кажется искажением фамилии Алексеева, где выпала буква «е». Такое действительно случалось: при переписях или в документах XIX века писарь мог записать фамилию на слух, особенно если в говоре «е» редуцировалось или проглатывалось. Однако у фамилии есть и самостоятельная версия, не связанная с ошибкой.

Словообразовательная модель указывает на суффикс -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». В данном случае основа — Алксе/Алксей. Это могла быть народная, диалектная форма имени Алексей, где произошло стяжение: Алексий → Алксей. В русских говорах, особенно северных и сибирских, имя Алексей нередко звучало как Олексей, Лексей, а в некоторых местностях — Алксей. От этой формы и образовали фамилию: Алксеев, а для женщины — Алксеева.

Географически фамилия тяготеет к северу России и Поволжью. Встречается она в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в старых переписях Пермской губернии. Это регионы, где сохранялись архаичные говоры и где имя Алексей было одним из самых распространённых. Предки носителей фамилии Алксеева с большой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми, поскольку фамилии на -ов/-ев у непривилегированных сословий закрепились в основном после отмены крепостного права в 1861 году.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с прозвищем Алкса. В некоторых говорах «алкса» означало жадного, ненасытного человека, любителя выпить (от «алкать» — хотеть пить, жаждать). Тогда фамилия образована не от имени, а от прозвища, которое закрепилось за родоначальником. Но эта гипотеза слабее: фамилии от прозвищ с таким корнем редки, а имя Алексей даёт куда более естественное объяснение и массовость.

Таким образом, Алксеева — это либо фонетический вариант фамилии Алексеева, закреплённый в документах, либо самостоятельная фамилия от диалектной формы имени Алксей. В любом случае, её корень — каноническое имя Алексей, означающее «защитник», «оберегающий», что делает фамилию частью огромного гнезда «Алексеевых», но с собственной, локальной историей.