Фамилия Алксеева с первого взгляда кажется ошибкой писаря, пропустившего букву «е» в распространённой фамилии Алексеева. Такое действительно случалось в XIX веке: при переписях фамилию записывали на слух, а в некоторых говорах первый гласный звук редуцировался или «проглатывался». Однако у Алксеевой есть и самостоятельная версия происхождения, не сводимая к описке.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ев присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». Основа в данном случае — Алксе или Алксей. Это народная, диалектная форма имени Алексей, где произошло стяжение: Алексий → Алксей. В русских говорах, особенно северных и сибирских, имя Алексей нередко звучало как Олексей, Лексей, а в некоторых местностях — именно Алксей. От этой формы и образовали фамилию: Алксеев, а для женщины — Алксеева.

Географически фамилия тяготеет к северу России и Поволжью. Она встречается в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в старых переписях Пермской губернии. Это регионы, где сохранялись архаичные говоры и где имя Алексей было одним из самых распространённых. Предки носителей фамилии Алксеева с большой вероятностью были крестьянами или посадскими людьми: фамилии на -ов/-ев у непривилегированных сословий закрепились в основном после отмены крепостного права в 1861 году.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Алкса. В некоторых говорах «алкса» означало жадного, ненасытного человека, любителя выпить (от «алкать» — хотеть пить, жаждать). Тогда фамилия образована не от имени, а от прозвища, которое закрепилось за родоначальником. Эта гипотеза слабее: фамилии от прозвищ с таким корнем редки, а имя Алексей даёт куда более естественное объяснение и массовость.

Таким образом, Алксеева — это либо фонетический вариант фамилии Алексеева, закреплённый в документах, либо самостоятельная фамилия от диалектной формы имени Алксей. В любом случае её корень — каноническое имя Алексей, означающее «защитник», «оберегающий». Это делает фамилию частью огромного гнезда «Алексеевых», но с собственной, локальной историей, которую стоит искать в северных архивах и писцовых книгах.