Фамилия Аксеева — редкий случай, когда написание через «е» после шипящего не должно вводить в заблуждение. Вопреки современной орфоэпии, её основа исторически звучала и писалась через «о»: Аксёнов, Аксёнова. Дело в том, что в русских фамилиях, образованных от имени Аксён (народная форма канонического Авксентий), после твёрдого шипящего «ш» под ударением закономерно писалось «ё». Однако в паспортных записях XIX–XX веков, особенно в простонародной среде, букву «ё» часто заменяли на «е» из-за необязательности её употребления в документах. Так появилась фамилия Аксеев — графический, а не смысловой вариант. Суффикс «-ев» указывает на отчество: Аксеев буквально значит «сын Аксея», а Аксея, в свою очередь, — уменьшительное от Аксён.

Любопытно, что при таком написании фамилия могла возникнуть и из другого источника. В южнорусских и украинских говорах слово «аксея» или «оксея» иногда употребляли как прозвище для человека с характерным говором или поведением, но эта версия менее убедительна и не подкреплена массовыми данными. Гораздо вероятнее, что все Аксеевы — потомки людей, носивших имя Аксён.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где имя Авксентий было особенно популярно: Курская, Орловская, Тамбовская губернии, а также Поволжье. Встречается она и у русских, и у мордвы-эрзи, которая активно заимствовала православные имена в XVI–XVII веках. В мордовской среде фамилия могла закрепиться в форме Аксеев или Аксяев, что ещё раз подтверждает её происхождение от имени.

Социально предки Аксеевых — скорее всего, крестьяне или однодворцы (особый слой южнорусского населения). Среди дворянских родов эта фамилия не отмечена, что типично для отчеств от простонародных форм календарных имён. Таким образом, носитель фамилии Аксеева может с высокой долей уверенности считать, что его корни идут от человека по имени Аксён, а написание через «е» — всего лишь дань канцелярской небрежности прошлого.