Фамилия Аллагужин — редкая и географически привязанная, её стоит искать на Южном Урале и в Приуралье. В основе лежит тюркское мужское имя Аллагужа (Алла-Ходжа), которое складывается из двух частей: «Алла» (Бог) и «гужа» — искажённое «ходжа» (господин, хозяин, наставник). Такие двусоставные имена с религиозным компонентом в дореволюционной России были распространены среди башкир и татар, особенно в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях. Имя Аллагужа означало примерно «раб Божий» или «служитель Всевышнего», но с оттенком уважения, как к духовному лицу.

Словообразовательная модель здесь классическая для русского освоения тюркских фамилий. Суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»): Аллагужин — буквально «сын (или потомок) Аллагужи». В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от имён, оканчивающихся на согласный, -ин крепился к основам на -а, -я. Это типично для фамилий из тюркской среды, попавших в русскую документацию (ср. Абдуллин, Ахметшин), хотя у Аллагужина финаль «а» дала именно -ин.

Интересная деталь: написание фамилии в метрических книгах XIX века могло колебаться. Встречаются варианты Аллагузин (с одной «ж») и даже Алла-Хужин. Двойное «ж» закрепилось, вероятно, под влиянием произношения, где звук [ж] на стыке корня и суффикса сдваивался. Попадается и вариант Аллагужев — но он реже и, скорее всего, результат ошибки писаря, который механически применил стандартный суффикс -ев, не разобравшись в окончании основы.

Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами из башкир-вотчинников, реже — из тептярей. Связь с духовенством возможна, но не обязательна: имя Ходжа (Гужа) в народной среде давали не только муллам, но и просто уважаемым людям, старшим в роду. Точных сведений о дворянстве или купечестве у Аллагужиных нет — фамилия осталась в крестьянской среде.

Сегодня фамилия встречается в Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, изредка — у казахов (в форме Аллагужин или Аллағожин). Носителей мало, ономастические справочники её обычно обходят стороной. Но для человека, ищущего свои корни, это хороший маркер: ищи предков среди башкир или татар, живших в районе исторической Уфимской провинции.