Фамилия Альмакова звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её корни, скорее всего, ведут не в славянскую, а в тюркскую языковую среду. Основа «Альмак» или «Алмак» могла быть прозвищем или именем, которое затем оформилось по русской модели с суффиксом -ов, дав мужскую форму Альмаков, а от неё — женскую Альмакова. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от имени или прозвища отца, что говорит о достаточно позднем закреплении фамилии, уже в русскоязычной среде.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским словом «алма» — яблоко. В таком случае Альмак могло быть прозвищем человека, занимавшегося разведением или продажей яблок, либо обладателя круглого, румяного лица, которое сравнивали с яблоком. В тюркских языках существует и личное имя Алма́к, которое могло даваться ребёнку как пожелание (от глагола «ал» — бери, возьми), но в качестве прозвища оно встречалось реже. Ономастические словари (например, работы Н. А. Баскакова по тюркским фамилиям) отмечают, что фамилии с корнем «алма» широко распространены у татар, башкир, казахов, но в русском контексте они обрусели, утратив аканье или изменив ударение.

Менее убедительна, но возможна версия происхождения от арабского имени Алим (знающий, учёный) через диалектные формы. Однако для этого потребовалась бы цепочка изменений (Алим → Альмак), что менее естественно, чем прямая связь с «яблоком». Географически фамилия Альмакова встречается в Поволжье и на Урале, в регионах активного русско-тюркского пограничья, что подтверждает её смешанное происхождение: прозвище дали по-тюркски, а фамилию записали по-русски. Ударение в ней, скорее всего, падает на второй слог — Альма́кова, хотя в разных семьях могло закрепиться и на первом.