Фамилия Альмакова звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Её корни ведут не в славянскую, а в тюркскую языковую среду. Основа «Альмак» или «Алмак» могла быть прозвищем или именем, которое затем оформилось по русской модели с суффиксом -ов, дав мужскую форму Альмаков, а от неё — женскую Альмакова. Этот суффикс типичен для русских фамилий, образованных от имени или прозвища отца, что говорит о закреплении фамилии уже в русскоязычной среде, скорее всего, не раньше XVII–XVIII веков.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским словом «алма» — яблоко. В таком случае Альмак могло быть прозвищем человека, занимавшегося разведением или продажей яблок, либо обладателя круглого, румяного лица, которое сравнивали с яблоком. В тюркских языках существует и личное имя Алма́к, которое могло даваться ребёнку как пожелание (от глагола «ал» — бери, возьми), но в качестве прозвища оно встречалось реже. Ономастические словари (например, работы Н. А. Баскакова по тюркским фамилиям) отмечают, что фамилии с корнем «алма» широко распространены у татар, башкир, казахов, но в русском контексте они обрусели, утратив аканье или изменив ударение.

Менее убедительна версия происхождения от арабского имени Алим (знающий, учёный) через диалектные формы. Для этого потребовалась бы цепочка изменений (Алим → Альмак), что менее естественно, чем прямая связь с «яблоком». Географически фамилия Альмакова встречается в Поволжье и на Урале — в регионах активного русско-тюркского пограничья, что подтверждает её смешанное происхождение: прозвище дали по-тюркски, а фамилию записали по-русски. Ударение в ней, скорее всего, падает на второй слог — Альма́кова, хотя в разных семьях могло закрепиться и на первом.