Фамилия Алмакынова — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не прозвище, а женское имя собственное, причём с нехарактерным для русского языка окончанием. Принадлежность к женскому роду в самой основе — первое, что бросается в глаза.

Образована фамилия по стандартной русской модели: к основе «Алмакын» добавили суффикс -ов- и окончание -а. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Алмакынов, то есть потомок женщины по имени Алмакын. Мужской вариант фамилии — Алмакынов. Такая модель (от женского имени с суффиксом -ов) встречается редко, чаще фамилии образуют от мужских имён. Здесь же в основе — женское имя, что говорит о том, что родоначальником фамилии могла быть женщина, а прозвище или имя закрепилось за её детьми.

Само имя Алмакын, скорее всего, тюркского происхождения. В тюркских языках «алма» означает «яблоко», а суффикс -кын/-гын часто образует имена со значением «подобный» или «приносящий». Таким образом, Алмакын можно перевести как «яблочная», «подобная яблоку» или «яблонька». В некоторых тюркских культурах яблоко — символ красоты, плодородия и здоровья, так что имя могло быть ласковым или пожелательным. Встречается также вариант Алмагуль (яблоко-цветок), что подтверждает эту словообразовательную модель.

Географически фамилия Алмакынова тяготеет к регионам с тюркским населением — Татарстану, Башкортостану, Казахстану. В русских документах XIX века такие фамилии не фиксировались массово, что указывает на относительно позднее оформление — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда крестьяне и сельские жители получали фамилии при переписях или записи в метрические книги. Носители фамилии могли быть из татарских или башкирских родов, где женские имена с корнем «алма» были распространены.

В отличие от многих фамилий, где спорят о происхождении от прозвища или крестильного имени, здесь всё прозрачнее: основа — женское имя, причём нехристианское. Это делает фамилию Алмакынова ярким маркером тюркского культурного слоя в русской ономастике.