Фамилия Алмакаева по своему происхождению связана с тюркским миром, а именно с казахским именем Алмакай. Основа здесь — слово «алма», которое в переводе с казахского означает «яблоко». В переносном смысле это слово также могло обозначать красоту и изящество. Имя Алмакай образовали с помощью аффикса -кай, который придаёт имени ласкательный оттенок. Получается, что Алмакай — это «маленький Алма», то есть уменьшительно-ласкательная форма.

Вероятно, такое имя давали красивому мальчику, подчёркивая его привлекательность. Со временем имя Алмакай закрепилось как фамилия: к нему добавили русский патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — Алмакаев). Фамилия Алмакаева — это женская форма, означающая «дочь или жена Алмакая».

Стоит обратить внимание на модель образования: фамилия строится не по распространённой схеме «имя + -ов/-ев», а от имени с редким для русского уха аффиксом -кай. Это сразу выдаёт её нерусское происхождение и связь с казахской или шире — тюркской — ономастикой. Подобные фамилии нечасто встречаются в центральной России, их география тяготеет к регионам, где исторически были сильны тюркские влияния: Поволжье, Урал, юг Сибири.

Поскольку процесс формирования фамилий у разных народов шёл неравномерно, точное время появления рода Алмакаевых можно установить только через генеалогические изыскания. Однако, судя по модели (имя + русский суффикс), фамилия могла оформиться в XIX — начале XX века, когда многие нерусские народы Российской империи получали фамилии по русскому образцу.