Фамилия Альмукашева — редкий случай, когда тюркское имя органично вписалось в русскую грамматику, не потеряв своей исходной образности. Основа здесь — мужское имя Альмукаш, сложносоставное и многозначное. Первая часть «ал» может восходить либо к тюркскому «ал» (красный, алый), либо к глаголу «ал-» (брать, возьми). Вторая часть «мукаш» — вероятный вариант имени Мукаш, которое выводят от арабского «мукаш» (обнажающий, раскрывающий) или от тюркского «мука» (вечный, постоянный). В зависимости от диалекта и традиции имя Альмукаш могли понимать и как «алый цветок», и как «возьми и будь вечным» — оба варианта звучат как пожелание или характеристика.

Суффикс «-ев» (а не «-ов») в этой фамилии не случаен и выдает руку русского писаря. В русской словообразовательной модели фамилии на «-ев» образуются от основ, оканчивающихся на мягкий согласный, шипящий или «ц». Имя Альмукаш заканчивается на мягкий «ш», поэтому грамматически правильным стало именно окончание «-ев». Женская форма Альмукашева, соответственно, произведена от мужской Альмукашев по стандартной модели: дочь или жена Альмукашева.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием — Поволжье (Татарстан, Башкортостан), Урал, Западная Сибирь, а также Казахстан. Встречаемость в русских официальных документах говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, были крещены или вошли в состав российского сословного общества, приняв фамилию по отцу. В отличие от многих русских фамилий, образованных от прозвищ по профессии или внешности, Альмукашева напрямую указывает на личное имя родоначальника, что типично для тюркских фамилий, адаптированных к русской системе.

Фамилия не имеет отношения к арабскому «мукашафа» (откровение) или к русскому слову «мука», как иногда ошибочно предполагают. Ее корень — сугубо антропонимический, и если искать аналоги, то в одном ряду с ней стоят фамилии Алтынбаев, Ахметкашев, Мукашев — все они образованы от личных имен с тюркскими компонентами. Носитель фамилии Альмукашева может с уверенностью считать, что его предок по мужской линии носил имя, которое в переводе на русский звучало как нечто яркое и значимое — «красный цветок» или «взятый Богом».