Фамилия Альмукова — женская форма, мужская — Альмуков. Её основа, скорее всего, тюркская, и образована она по русской патронимической модели (суффикс -ов/-ев), то есть отвечает на вопрос «чей?» — сын или потомок человека по имени или прозвищу Альмук.

Наиболее правдоподобная версия возводит основу к тюркскому личному имени Альмук. В татарском, башкирском и других тюркских языках имя «Альмук» (или «Алмук») могло быть производным от корня «ал» — «брать», «взять», либо от «ал» в значении «алый», «красный», «румяный». В таком случае имя могло означать «взятый (богом)», «дар» или же даваться по внешнему признаку — «красноватый», «румяный». Встречается также вариант, где «Альмук» — это краткая форма от более длинных арабо-тюркских имен с компонентом «аль-» (определенный артикль) и корнем «мук» (от «мук» — «горе», «печаль», что маловероятно для имени), но эта гипотеза слабая и редко подтверждается.

Географически фамилия Альмукова привязана к регионам Поволжья и Приуралья, где исторически жили татары, башкиры и мишари. Это типичная фамилия для татарских и башкирских родов, которые после принятия христианства или в ходе русификации получили фамилии по русскому образцу, но сохранили исконные тюркские имена в основе. Встречаются Альмуковы и у чувашей, что также объясняется тюркским происхождением.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Носители, как правило, были государственными крестьянами или служилыми татарами (тептяри, башкиры). Встречается вариант написания с «а» в начале, что характерно для тюркских заимствований, где арабский артикль «аль» слился с именем.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Альмухаметов, Альмушев), то Альмуков — более краткая и древняя форма, не отягощенная религиозным компонентом (как «Мухаммет»). Это указывает на то, что прозвище или имя Альмук могло быть светским, данным в быту, а не мусульманским каноническим.