Фамилия Альмукова — женская форма, а её мужской вариант Альмуков образован по русской патронимической модели с суффиксом -ов. Основа здесь тюркская, и фамилия отвечает на вопрос «чей?»: она указывает на потомка человека по имени или прозвищу Альмук.

Самая правдоподобная версия возводит основу к тюркскому личному имени Альмук. В татарском, башкирском и других тюркских языках имя «Альмук» (или «Алмук») могло быть производным от корня «ал» — «брать», «взять», либо от «ал» в значении «алый», «красный», «румяный». В первом случае имя могло означать «взятый (богом)» или «дар», во втором — давалось по внешнему признаку, например «красноватый» или «румяный». Встречается и слабая гипотеза, где «Альмук» выводят из арабо-тюркского сочетания с артиклем «аль-» и корнем «мук» («горе», «печаль»), но для личного имени такое значение маловероятно, и эта версия редко подтверждается.

Географически фамилия Альмукова привязана к Поволжью и Приуралью — регионам, где исторически жили татары, башкиры и мишари. Это типичная фамилия для тюркских родов, которые после принятия христианства или в ходе русификации получили фамилии по русскому образцу, но сохранили в основе исконные тюркские имена. Встречаются Альмуковы и у чувашей, что тоже объясняется тюркским происхождением.

В дореволюционных документах фамилия фиксируется в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях. Носители, как правило, были государственными крестьянами или служилыми татарами (тептяри, башкиры). Начальное «а» в фамилии характерно для тюркских заимствований, где арабский артикль «аль» слился с именем.

Если сравнивать Альмукова с однокоренными фамилиями (Альмухаметов, Альмушев), то Альмуков — более краткая и древняя форма, не отягощенная религиозным компонентом вроде «Мухаммет». Это указывает на то, что прозвище или имя Альмук было светским, бытовым, а не мусульманским каноническим.