Фамилия Алмушкин — редкий случай, когда мордовское происхождение почти не вызывает споров у ономастов. Основа фамилии — дохристианское мордовское (эрзянское или мокшанское) имя Алмуш, которое фиксируется в документах XVII–XVIII веков. Имя это составное: первая часть «ал-» восходит к мордовскому «ал» — «низ, дно, исподний», вторая — «муш» (от «мушемс» — «находить, добывать»). В буквальном прочтении Алмуш могло означать «нашедший дно» или «добытый снизу» — вероятно, имя-оберег, которое давали, чтобы уберечь ребёнка от сглаза или болезней, принижая его ценность.

Суффикс «-кин» в фамилии — типичный для русской адаптации иноязычных имён в Поволжье. В отличие от «-ов/-ев», которые чаще присоединялись к полным формам, «-ин» (фонетический вариант «-кин») образовывал фамилии от имён, оканчивающихся на согласный или «-а/-я»: Алмуш + кин = Алмушкин. Такая модель массово использовалась при крещении мордвы в XVI–XVIII веках: священники или писцы записывали новообращённых по отцу, добавляя русский суффикс к его языческому имени.

Географически фамилия привязана к территориям расселения мордвы — современные Нижегородская область, Мордовия, Пензенская область, Чувашия. В ревизских сказках XVIII века Алмушкины встречаются в Ардатовском уезде и окрестностях Саранска. Родственными по корню можно считать фамилии Алмаев, Алмакаев, Алмушев — все они образованы от того же имени Алмуш или его диалектных вариантов.

Сословно носители фамилии относились к государственным крестьянам и однодворцам. Дворянских родов Алмушкиных не зафиксировано — это однозначно крестьянская фамилия, что подтверждается и её «неблагозвучной» для дворянского уха основой (языческое имя). В советское время фамилия не получила широкого распространения за пределами исходного региона, поэтому сегодня она остаётся довольно редкой, но стабильно встречается в Мордовии и соседних областях.