Фамилия Алимушкина — женская форма, мужской вариант — Алимушкин. В её основе лежит имя Алимушка, которое в свою очередь является уменьшительно-ласкательной формой от татарского или башкирского имени Алим. Имя Алим восходит к арабскому корню «алим» — «знающий», «учёный», «мудрый». Таким образом, Алимушка — это «маленький Алим», «любимый Алим», а фамилия буквально означает «потомок (или сын) Алимушки».

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для русской ономастики, адаптирующей иноязычные имена. Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Алимушкин. Такая модель характерна для фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В русском языке этот суффикс вытеснил тюркский притяжательный аффикс, но основа осталась прежней.

Интересно, что фамилия Алимушкин встречается преимущественно в Поволжье — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Это не случайно: регион исторически был зоной смешения славянского и тюркского населения. Носители фамилии — потомки крещёных татар или башкир, либо русских, воспринявших имя от соседей-мусульман. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли образовываться от полного имени (Алимов), форма на -ин часто фиксирует именно обиходный, домашний вариант имени, что говорит о бытовом, семейном контексте возникновения прозвища.

Споров вокруг корня почти нет. Арабское происхождение имени Алим — общепризнанный факт в ономастике (словарь татарских имён Г. Саттарова, работы Н. Баскакова). Вторая версия, связывающая фамилию с тюркским словом «алым» (взятка, налог), маловероятна: суффикс -ушк- характерен именно для ласкательных форм личных имён, а не для прозвищ от нарицательных слов. Так что предки современных Алимушкиных — люди, которых в семье ласково звали «наш маленький знающий», «учёный сынок».