Основой фамилии Акимушкин послужило мирское имя Акимушка. Фамилия Акимушкин восходит к каноническому мужскому имени Иоаким (в переводе с древнееврейского – «прославленный богом»). Однако в основу фамилии легло не это имя, а его просторечная форма Акимушка. Кроме того, в некоторых говорах Древней Руси Акимушкой могли называть добродушного, но глуповатого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Акимушка, со временем получил фамилию Акимушкин.