Фамилия Акимушкин — один из примеров того, как в русской ономастике просторечная форма имени перевесила церковный канон. В её основе лежит не полное крестильное имя Иоаким (с древнееврейского — «прославленный Богом»), а его бытовая, народная версия — Акимушка. Такое усечение и добавление суффикса -ушк- характерно для ласкательно-обиходных имён на Руси: так же образованы, например, Иванушка или Петрушка.

Суффикс -ин в конце фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Акимушкин, то есть сын или потомок Акимушки. Это типичная патронимическая модель для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин столь же распространены, как и на -ов.

Однако у имени Акимушка было и нарицательное значение. В некоторых русских говорах так называли добродушного, но простоватого, слегка глуповатого человека. Это не оскорбительное прозвище, скорее бытовая характеристика — «блаженный» или «простак», которого не обижали, но и не воспринимали всерьёз. Поэтому фамилия могла возникнуть и напрямую от прозвища, минуя крестильное имя.

Интересно, что фамилия Акимушкин сохранила редкую для современного русского языка форму суффикса -ушк- в основе. В то время как большинство имён с этим суффиксом (Акимка, Акимочка) дали фамилии Акимкин или Акимочкин, вариант с «ушк» встречается реже и указывает на более архаичный диалектный источник. Так что предки носителей этой фамилии, скорее всего, жили в местности, где придерживались именно такой произносительной традиции.