Фамилия Акимина — женская форма, а разговор обычно начинают с мужского варианта, Акимин. В его основе лежит крестильное имя Иоаким, которое в русском быту почти не использовалось в полной форме, зато дало просторечную версию — Аким. От неё пошёл целый куст фамилий: Акимов, Акимушкин, Акимычев. Акимин стоит среди них чуть особняком из-за суффикса -ин. Если фамилии на -ов образуются от основ на согласный (Аким → Акимов), то -ин крепится к основам на -а или -я. Здесь исходной формой стало не Аким, а Акима — разговорно-ласкательный вариант, такой же, как Вася от Василий или Петя от Пётр. В документах XVII–XVIII веков нередки записи вроде «Акима Иванов сын» — именно от таких отчеств и пошли фамилии на -ин. Ударение в фамилии падает на последний слог: Акими́н.

Суффикс -ин указывает на принадлежность конкретному лицу, то есть отвечает на вопрос «чей?» — Акимин, то есть сын Акимы. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России: именно там суффикс -ин был основным способом образования фамилий, тогда как в южных и восточных областях чаще встречается Акимов. Акимины могли быть крестьянами, мещанами или служилыми людьми — фамилия не указывает на знатное происхождение, а лишь фиксирует имя родоначальника.

Встречается редкий вариант написания через два «н» — Акиммин. Это не ошибка: если имя произносили как Акимма (с двойным «м» на стыке корня и суффикса), на письме это иногда отражалось. В современных базах такой вариант встречается в единичных случаях, в основном в Тверской и Псковской областях.