Фамилия Акимушкина — женская форма, которая восходит к мужской фамилии Акимушкин. Та, в свою очередь, образована от имени Акимушка — народной уменьшительно-ласкательной формы крестильного имени Иоаким. В русском обиходе Иоаким часто звучал как Аким. Суффикс -ушк- в русских фамилиях встречается заметно реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин. Он придаёт основе оттенок принадлежности «маленькому» или «младшему» в семье: Акимушка — буквально «маленький Аким», и фамилия Акимушкин означала «сын Акимушки» или «из дома Акимушки». Такая модель (основа на -ушк- + -ин) типична для северных и центральных областей России, где любили именно такие «домашние» прозвищные фамилии.

Имя Иоаким древнееврейского происхождения («Яхве воздвигнет») было на Руси распространено, но не так часто, как Иван или Пётр. Его производные — Аким, Яким, Еким — дали жизнь множеству фамилий: Акимов, Якимов, Екимов, а также Акимушкин, Якимушкин, Екимушкин. Фамилия Акимушкина — одна из самых «ласковых» в этом ряду: она указывает не просто на потомка Акима, а на потомка того, кого в семье звали уменьшительно Акимушкой. Встречается фамилия в основном в Поволжье и центральных регионах, но не является массовой. Её носительницы могут с уверенностью связывать свою родословную с человеком по имени Аким, которого в быту называли ласково — Акимушка. Никакой другой, более экзотической версии происхождения (от тюркских корней или названий животных) у этой фамилии нет — она чисто русская, патронимическая, и её разбор прозрачен.