Фамилия Алонтарева — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самая правдоподобная версия связывает её с календарным именем Леонтий, которое в просторечии звучало как Лёня, Лёнтя или Олонта. От этих форм через суффикс -арь (обозначающий деятеля или носителя признака) образовалось прозвище Олонтарь. В русских говорах «олонтарь» или «алантарь» могло означать человека с какой-то заметной чертой, но точное лексическое значение слова не сохранилось. Фамилия Алонтарев (женская форма — Алонтарева) — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?», то есть «сын или потомок Алонтаря».

Суффикс -ев указывает на то, что основа прозвища заканчивалась на мягкий согласный (в данном случае на -рь). Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, а не от крестильных имён в их полной форме. Если бы в основе лежало редкое имя Алонт (гипотетически — греческое или тюркское), фамилия звучала бы как Алонтов. Форма на -ев подтверждает, что корень — именно прозвище с суффиксом -арь.

Регионально фамилия тяготеет к южнорусским областям (Воронежская, Ростовская) и к украинским землям, где суффикс -арь в прозвищах был особенно распространён. Встречается она и в среде донских казаков, что логично: казачьи фамилии часто образовывались от уличных прозвищ, а не от имён отцов. В дореволюционных метрических книгах XIX века Алонтаревы фиксировались как государственные крестьяне и однодворцы — сословие, характерное для юга России.

Сложность в том, что фамилия могла возникнуть и независимо в разных семьях. Если предок служил при алтаре (от греческого «алтарь»), его могли прозвать Алонтарем — с характерным для южных говоров «аканьем» (а-канье превращало «алтарь» в «олтарь» и далее в «алантарь»). Но это лишь вторая, менее вероятная гипотеза: в церковной среде прозвища давали по должности (Пономарёв, Дьячков), а не по месту службы. Первая версия — от имени Леонтий через форму Олонтарь — надёжнее, поскольку укладывается в народную традицию переделывать церковные имена в бытовые прозвища.