Фамилия Алонина — одна из тех, что образованы по простой и понятной модели: к основе добавили суффикс -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность («чей?»). Алонин — сын Алоны. Соответственно, Алонина — женская форма той же фамилии, и разговор о ней неотделим от мужского варианта.

Корень здесь — женское имя Алона. Но сразу возникает вопрос: откуда взялось такое имя? В русском именослове оно неканоническое, не из святцев. Самое вероятное объяснение — это народная, разговорная форма имени Алёна. В диалектах и бытовой речи звук «ё» нередко переходил в «о»: Алёна — Алёна, а в некоторых говорах — Алона. Так же, как, например, Олёна — вариант того же имени. Таким образом, Алона — это та же Алёна, но в местном, диалектном произношении. Само имя Алёна, в свою очередь, — народная форма греческого Елена («светлая», «факел»).

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с прозвищем Алона. В некоторых говорах «алона» могло означать нечто вроде «обманщица», «льстица» (от диалектного глагола «алонить» — льстить, обманывать). Однако эта версия слабее: прозвище с таким значением вряд ли дали бы женщине и вряд ли оно стало основой для фамилии без мужского посредника. Правдоподобнее, что Алона — это всё-таки имя.

Фамилия Алонин (и Алонина) — относительно редкая. Географически она встречается в центральных и северных областях России, где диалектное «аканье» и замена «ё» на «о» были особенно сильны. Встречается и у староверов, где часто сохранялись архаичные формы имён.

Что касается социального происхождения: такие фамилии на -ин в крестьянской среде закрепились в XVII–XIX веках. Предки современных Алониных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, а фамилию им дали по имени матери или бабушки — Алоны. Это указывает на то, что в роду ценили память о женщине, а может быть, и на то, что она была главой семьи (например, вдова, поднявшая детей).