Фамилия Алонина — женская форма от Алонин, и разбирать её стоит через мужской вариант, поскольку модель образования проста и прозрачна. Суффикс -ин в русской фамильной традиции отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность родоначальнику. Алонин — буквально «сын Алоны». Значит, в основе лежит имя или прозвище Алона.

Самая надёжная версия: Алона — это народная, диалектная форма имени Алёна. В говорах, особенно в центральных и северных областях России, звук «ё» часто переходил в «о»: Алёна превращалась в Алону, как Олёна — в вариант того же имени. Сама Алёна — это разговорная, неканоническая форма греческого имени Елена, которое означает «светлая», «факел». В святцах имени Алёна нет, но в быту оно было широко распространено, и именно из бытовой, а не церковной речи и вышла форма Алона.

Есть и другая, менее вероятная гипотеза: от диалектного глагола «алонить» — льстить, обманывать. В некоторых говорах «алона» могло значить «льстица» или «обманщица». Но эта версия слабая: прозвище с таким явно нелестным значением вряд ли дали бы женщине, и вряд ли оно легло в основу фамилии без мужского посредника. Правдоподобнее, что Алона — это именно имя, пусть и в местном произношении.

Фамилия Алонин (и, соответственно, Алонина) — редкая. Географически она тяготеет к регионам, где было сильно «аканье» и замена «ё» на «о», то есть к центральной России и северу. Встречается она и у староверов, которые нередко консервировали архаичные формы имён, вытесненные из официального обихода.

По социальному происхождению: фамилии на -ин в крестьянской и посадской среде закрепились в XVII–XIX веках. Предки современных Алониных, скорее всего, были крестьянами или горожанами. Фамилия дана по имени матери или бабушки — Алоны. Это говорит не только о памяти о женщине в роду, но и, возможно, о её реальной роли главы семьи, например, если она была вдовой и сама вела хозяйство.