Фамилия Алпутов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская, но оформлена типичным русским патронимическим суффиксом -ов. Это значит, что предок носителя фамилии, вероятно, был человеком с прозвищем или именем Алпут, а его дети стали Алпутовыми.

Разбираем основу. «Алп» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «богатырь», «герой», «витязь». Это слово входило в состав многих имен и титулов. Вторая часть, «ут», может быть как окончанием множественного числа (тогда «алпут» — «богатыри»), так и искаженным вариантом слова «уд» («сын» — в древнетюркском). Таким образом, исходное прозвище могло означать «сын богатыря» или просто «богатырь». В русских документах XVI–XVII веков встречаются татарские мурзы и служилые люди с именем Алпут, что подтверждает эту версию.

Другая, менее вероятная версия, связывает фамилию с русским диалектным словом «алпутый» — «неуклюжий», «мешковатый». Но в этом случае фамилия писалась бы через «ы» (Алпутый → Алпутын или Алпутов, но с другим ударением). Учитывая, что в тюркских именах «Алпут» — зафиксированный антропоним, а в русском языке слово «алпут» — редкая диалектная единица, первая версия убедительнее.

География фамилии тоже указывает на тюркский след. Алпутовы — не частая фамилия, но встречается она прежде всего в Поволжье, в Оренбургской области, в Башкортостане и Татарстане — именно там, где веками жили тюркские народы, активно контактировавшие с русскими. Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или башкир, перешедших на русскую модель именования. Сословно предки могли быть как служилыми людьми (казаками, толмачами), так и крестьянами — однозначных данных нет, но «богатырское» имя скорее подходит для военного сословия, чем для землепашца.