Фамилия Алпатов образована от личного имени, а точнее — от просторечной формы крестильного имени Евпатий. Греческое имя Евпатий (Εὐπάτιος) означает «чувствительный» или «благородный». В русской народной среде оно упрощалось: сначала до Евпат, затем — до Олпат или Алпат. Именно последний вариант, Алпат, и стал основой для фамилии, отвечающей на вопрос «чей?» — Алпатов, то есть сын или потомок Алпата.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к мужским именам и прозвищам, указывая на принадлежность. Такая схема особенно распространена в северных и центральных губерниях России. Фамилия Алпатов встречается в документах с XVII века, в основном среди крестьян и посадских людей. Встречается и вариант написания с буквой «о» — Олпатов, что отражает диалектное произношение (аканье закрепило на письме более поздний вариант «Алпатов»).

Среди известных носителей — Михаил Владимирович Алпатов (1902–1986), историк искусства, доктор наук, автор работ по русской и западноевропейской живописи. Его труды отличались образным языком и глубиной художественного анализа, что делает фамилию заметной в научной среде.