Фамилия Алпаткин образована от имени или прозвища Алпатка. В основе лежит просторечная, усечённая форма крестильного имени Евпатий. Исходное греческое имя означает «чувствительный». В живой речи произошли типичные для русского языка фонетические изменения: начальный «е» сначала перешёл в «о», а затем в «а» — это характерно для «акающих» говоров. Согласный «в» перед «п» со временем заменился на «л». Так из формы Евпат возникли варианты Олпат и Алпат, последний и дал основу фамилии.

Имя Евпатий известно по древнерусскому сказанию: его носил рязанский воевода Евпатий Коловрат. В 1237–1238 годах он с отрядом в 1700 человек напал на стан хана Батыя, перебив многих монгольских воинов. Однако фамилия Алпаткин не обязательно ведёт родословную от этого героя — имя было распространённым, и его носителями могли быть люди самого разного звания.

Модель образования проста: к основе Алпат- добавился суффикс -к- (указывающий на краткую, обиходную форму имени), а затем фамильный суффикс -ин. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно означает принадлежность: «сын Алпатки» или «из семьи Алпатки». Такие фамилии чаще всего встречались в среде крестьян и посадских людей центральной России, где был распространён «акающий» говор.