Фамилия Алпаткины — один из примеров того, как за века церковное имя, пройдя через народное произношение, превратилось в родовое прозвание. В её основе лежит имя Алпат (или Алпатка), которое восходит к каноническому греческому имени Евпатий. В переводе с греческого оно означает «чувствительный». Однако до того, как стать основой фамилии, это имя претерпело в живой русской речи несколько последовательных изменений: начальный гласный «е» перешёл в «о», а затем в «акающих» говорах — в «а»; согласный «в» перед «п» со временем заменился на «л». Так из усечённой формы Евпат возникли варианты Олпат и Алпат.

Самая известная историческая фигура, носившая это имя, — Евпатий Коловрат, рязанский воевода и богатырь, герой древнерусских сказаний. Согласно летописям, после разорения Рязани войсками хана Батыя в 1237–1238 годах он собрал отряд из уцелевших воинов (около 1700 человек) и внезапно напал на стан захватчиков. Дружинники Коловрата привели монголов в замешательство и перебили многих их знаменитых богатырей, прежде чем сами пали в неравном бою. Эта легенда, безусловно, повлияла на популярность имени Евпатий в древнерусской среде, а его производные формы — Алпат, Алпатка — бытовали как в крестьянской, так и в служилой среде.

Модель образования фамилии типична для русского ономастикона: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Алпатки). Такой способ был распространён в центральных и северных регионах России. О точном месте и времени возникновения фамилии Алпаткин сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий был длительным, а письменные источники по простонародным прозвищам XV–XVII веков сохранились неравномерно. Тем не менее, сама фамилия — интересный памятник народной переработки церковного имени, где за строгой греческой основой стоит живая разговорная стихия древнерусских говоров.