Фамилия Апаткин — это типичный пример «патронимической» фамилии, то есть образованной от имени или прозвища отца. Её основа, имя Апатка, скорее всего, является просторечной, обиходной формой крестильного имени Ипатий. Само имя Ипатий восходит к греческому слову со значением «высочайший», что в контексте фамилии указывает на религиозную традицию имянаречения, а не на характер или профессию предка.

Фамилия построена по одной из самых распространённых моделей русского языка: к основе на «-а» добавляется притяжательный суффикс «-ин», который отвечает на вопрос «чей?». Апаткин буквально означает «сын Апатки» или «человек из рода Апатки». Такая модель была особенно частотна в северных и центральных регионах России, где фамилии на «-ин» нередко вытесняли более южные формы на «-ов».

Стоит отметить, что основа «Апат-» могла иметь и другую природу. В некоторых говорах «апаткой» называли нерасторопного, медлительного человека или, наоборот, того, кто «опатит» (нянчится, возится) с детьми. Однако версия с каноническим именем Ипатий выглядит предпочтительнее, так как имя было хорошо известно на Руси благодаря святому Ипатию Гангрскому. Таким образом, фамилия Апаткин — это не столько отсылка к занятию или черте характера, сколько память о далёком предке, носившем редкое сегодня, но когда-то употребительное церковное имя.