Фамилия Апаткина, вероятно, происходит от имени Апатка, которое является просторечной формой крестильного имени Ипатий. В переводе с греческого оно означает «высочайший». Скорее всего, основатель рода Апаткиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, которого звали Апатка, со временем получил фамилию Апаткина.